Siswa sekolah menengah tahun kedua Ichirou Satou selalu menjadi orang biasa—yaitu, sampai dia mengalami situasi yang tidak terlalu biasa dengan gurunya, Kana "The Demon" Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou dengan reputasi sangat kejam sehingga bahkan para berandalan sekolah pun tunduk padanya. Suatu hari yang menentukan, hal-hal meningkat ketika Satou bertemu dengan Kojima di kamar kecil, membuat mereka berbagi pertemuan intim yang membuat imajinasinya menjadi liar selama berhari-hari setelahnya.

  Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat dengan setiap pertemuan.